Rigueur et transparence sont les maîtres-mots du fonctionnement et de la gestion des Restos. Dans cette organisation animée par les bénévoles, le pourcentage des frais généraux (frais de recherche de fonds, frais de fonctionnement et de communication) reste très faible. Il s’élève à 5,4 % des ressources.
En outre, un contrôle approfondi de la Cour des Comptes, sollicité en 1999 par les Restos, a rendu un rapport très favorable à l’association en octobre 2003.
En juin 2009, un nouveau rapport d’observations de cette même Cour concernant l’impact de leurs recommandations depuis 2003 a été publié. Ce rapport est extrêmement favorable et la Cour ne manque pas de souligner l’excellente gestion de l’association.
En complément, les Restos ont également mis en place des services qui vérifient la gestion financière et la logistique de l’ensemble des associations locales et s’assurent du respect des normes de contrôle interne.
Appels d’offres, legs et placements financiers sont notamment étudiés par des Comités spécialisés.